Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) «Βυζαντινές Σπουδές», στο οποίο συμμετέχουν οι Τομείς α) Αρχαίας και Μεσαιωνικής Ιστορίας και β) Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, παρέχει σε επιλεγμένους, κατόπιν εξετάσεων, πτυχιούχους συστηματικές και ειδικές σπουδές, οι οποίες  οδηγούν στην απόκτηση Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.). Το Π.Μ.Σ. εξειδικεύεται στις ακόλουθες ειδικεύσεις: α) Βυζαντινή Ιστορία και β) Βυζαντινή Αρχαιολογία και Τέχνη.

Το Π.Μ.Σ. στοχεύει στην προαγωγή της γνώσης και την ανάπτυξη της έρευνας μέσω της διαμόρφωσης ειδικών επιστημόνων σε επιμέρους γνωστικά αντικείμενα του Βυζαντινού Πολιτισμού, του φαινομένου Βυζάντιο γενικότερα αλλά και των μορφών επιβίωσης του Βυζαντινού Πολιτισμού και κατά την μεταβυζαντινή και οθωμανική περίοδο. Ως εκ τούτων, το Πρόγραμμα επιδιώκει την πολυδιάστατη εξέταση ποι κίλων φαινομένων του βυζαντινού κόσμου, μέσα από  μια διαχρονική προσέγγιση, από την πρώιμη βυζαντινή περίοδο έως τα μεταβυζαντινά χρόνια, με διεπιστημονική αντίληψη.

Οι βασικοί άξονες του Π.Μ.Σ. συνοψίζονται ως εξής:

• Υψηλού επιπέδου Μεταπτυχιακές Σπουδές.
• Εξειδικευμένη και εις βάθος κατάρτιση στους ως άνω επιστημονικούς κλάδους και στις σύγχρονες εξελίξεις των βυζαντινών σπουδών.
• Προώθηση νέων τεχνολογιών στην έρευνα και μελέτη των βυζαντινών επιστημών.
• Δημιουργία επιστημόνων με τις απαιτούμενες δεξι ότητες για επαγγελματική αποκατάσταση στον ακαδημαϊκό, δημόσιο και ιδιωτικό τομέα.
• Επαρκής κατάρτιση, η οποία θα οδηγεί περαιτέρω σε σπουδές επιπέδου διδακτορικής διατριβής.