Το ακαδημαϊκό πρόγραμμα της κατεύθυνσης «Βυζαντινή Ιστορία» περιλαμβάνει μαθήματα επιλογής με τη  μορφή σεμιναρίων. Για την ολοκλήρωση του προγράμματος σπουδών συνολικού αριθμού 120 ECTS και την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) απαιτείται η παρακολούθηση: α) Δύο υποχρεωτικών μαθημάτων κατά το πρώτο εξάμηνο σπουδών. β) Δύο υποχρεωτικών μαθημάτων κατά την διάρκεια του δευτέρου εξαμήνου σπουδών. γ) Δύο υποχρεωτικών μαθημάτων κατά το τρίτο εξάμηνο σπουδών δ) Η εκπόνηση της υποχρεωτικής διπλωματικής εργασίας κατά τη διάρκεια του τέταρτου εξαμήνου σπουδών. Από τα έξι μαθήματα τα τέσσερα είναι της Βυζαντινής Ιστορίας, ένα της Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Τέχνης και ένα της Βυζαντινής Φιλολογίας.

Το κάθε υποχρεωτικό μεταπτυχιακό μάθημα και στις δυο κατευθύνσεις του Π.Μ.Σ., απονέμει 15 ECTS. Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία απονέμει 30 ECTS. Το Π.Μ.Σ. απονέμει συνολικά 120 ECTS.